En muchos casos la causa es desconocida. Existen problemas tanto psicológicos como orgánicos que pueden producirla.
Dentro de las causas psicológicas que pueden producir EP (eyaculación precoz) están: la ansiedad, sentimiento de culpa, miedo a no ser un buen amante. Todos estos sentimientos negativos se potencian y producen mayor ansiedad y frustración.
Dentro de las causas orgánicas podemos encontrar: la prostatitis crónica, ingesta de fármacos, problemas tiroideos y enfermedades neurológicas.